1990年，中國大陸學者臧穆博士，與臺北醫學大學蘇慶華教授，曾經發現過一種靈芝Ganoderma comphoratum，發表於「雲南植物研究」，因其宿主為香樟木（Cinnamomum comphora），故稱之樟芝，恰巧與牛樟芝的俗名相近，使得牛樟芝也被誤認為靈芝，但是其模式標本（存放於中國科學院昆明植物院，編號HKAS22294，其中有詳盡之描述，包括特徵描繪圖，菌絲的特徵，該靈芝新菌種之孢子為雙層壁，且其表面具有突起。）描述的全文，與真正的牛樟芝完全不同。
1995 年，張東柱博士與周文能博士於英國真菌學研究期刊「Mycological Research」發表，將牛樟芝發表為薄孔菌屬 Antrodia之一新種，命名為Antrodia cinnamomea，指定放置於台灣林試所之TFRI 119號標本為其主模式標本(Holotype)，並將標準菌株存放於食品工業發展研究所生物資源保存及研究中心(BCRC 35396)。 文中詳細描述牛樟芝子實體及培養的無性世代形態特徵及其他培養特性，並註記該菌之寄主為牛樟樹(Cinnamomum kanehirai)。
1997年吳聲華博士等檢視前述一模式標本HKAS 22294及前述二模式標本TFRI 119後，認為兩者是相同菌，但因臧穆博士與蘇慶華博士(1990)先發表，具有命名先取權，不過亦認同張東柱博士與周文能博士(1995)之意見，認為牛樟芝應屬於薄孔菌屬Antrodia。於是吳聲華博士等(1997) 於「中研院植物學彙刊」發表，認為應採用Antrodia為屬名及保留Ganoderma comphoratum之種名，並更正原先拼字錯誤而發表新組合名 Antrodia camphorata。其模式標本仍指定為HKAS 22294。
在2004年，張東柱與周文能兩位博士在「中研院植物學彙刊」提出應回復使用Antrodia cinnamomea為牛樟芝之學名。其理由為吳聲華等(1997)檢視臧穆博士與蘇慶華博士 (1990)發表之Ganoderma comphoratum模式標本HKAS 22294時，指出該標本由兩種不同之真菌組成，一為靈芝(Ganoderma sp.)、一為牛樟芝(Antrodia cinnamomea)。
而根據「國際植物命名規約」（McNeill et al., 2006），當學名所使用之模式標本包含超過一個物種時，該學名所指涉之對象必須是該標本中最能夠與原始描述相對應之部份。由於臧穆博士與蘇慶華博士 發表新種Ganoderma comphoratum時，所指涉者是該描述標本中之靈芝部份，而非牛樟芝部份。因此認為張東柱與周文能兩位博士於1995年之發表應為牛樟芝第一次有效(effective)及正當(valid )之發表。
2004年，吳聲華博士等發表世界新種臺芝屬（Taiwanofungus），研究報告認為牛樟芝的LSU rDNA序列分析結果與Antrodia和Antrodiella的親緣性並不接近。應該將原本所歸屬的薄孔菌屬區分出來，並將牛樟芝歸類在新屬之中，即為臺芝屬（Taiwanofungus）[5]。余知和博士等學者在《Botanical Studies》發表《分析核糖體大亞基核酸序列研究薄孔菌屬（Antrodia）種類與相關分類群的系統關係》，又研究了臺芝屬的分類[6]。同年，2010年真菌字典（Dictionary of Fungi）、真菌銀行（MycoBank），修正牛樟芝名稱為Taiwanofungus camphoratus。
而Taiwanofungus camphoratus聲明的模式表準有二，TFRI119及HKAS22294，關於目前正式學名之爭議。
根據臺灣特有藥用菇 牛樟芝(菇)的正確學名一文所述：臺芝屬目前無足夠理由成立新屬，理由如下：
由生物解剖型態的性狀特徵，無足夠理由成立成立新屬，薄孔菌屬（Antrodia）目前仍然在研究中，包含吳聲華博士自己的文章中已經明言（牛樟芝缺乏與他屬明顯不同的單一特徵可作為屬名的來源）。分子生物學角度的研究，目前爭議仍然很多，包含牛樟芝DNA的分子序列親源關係之研究仍在多方進行中，亦出現不同之見解。
Taiwanofungus camphoratus聲明的模式標準有二，TFRI119及HKAS22294，但是HKAS22294確定不是牛樟芝，所以這個命名，並無法成立。最後可確定最正確及最合理之學名應為Antrodia cinnamomea。此學名較符合「國際植物命名規約」之命名原則。
