105年7月11日後，如業者未依「牛樟芝食品管理及標示相關規定」檢齊相關資料，於產品上市前向衛生福利部申請備查，依「食品安全衛生管理法」(下稱食安法)第四十七條第十一款規定，得處新臺幣三萬元以上三百萬元以下罰鍰；情節重大者，並得命其歇業、停業一定期間、廢止其公司、商業、工廠之全部或部分登記事項，或食品業者之登錄；經廢止登錄者，一年內不得再申請重新登錄。
以未經備查之牛樟芝原料製造食品，如未經證明為無害人體健康，將依違反食安法第十五條第一項第九款處辦，依同法第四十四條第一項第二款處新臺幣六萬元以上二億元以下罰鍰；情節重大者，並得命其歇業、停業一定期間、廢止其公司、商業、工廠之全部或部分登記事項，或食品業者之登錄；經廢止登錄者，一年內不得再申請重新登錄。該牛樟芝食品將依同法第五十二條第一項第一款沒入銷毀。